赤ちゃんを畳の部屋に迎えるにあたってジョイントマットやコルクマットを敷いた方がいいですか、という質問をうけることがあります。
畳はどれも同じというわけではなく、赤ちゃんからみた畳の質感も、畳表や畳床（中味）によって異なるようですが、
結論としては、つないで使うマットを畳の上に広範囲に敷くのは赤ちゃんには不向きですので、薄手の洗える綿ラグをメインに、狭い範囲のジョイントマットの併用をオススメしています。
赤ちゃんからみた畳の部屋のいいところ
フローリングと比べて、
１．頭や体をぶつけても衝撃が少ない。
２．滑りにくい
３．冷たさを感じにくい
赤ちゃんからみた畳の部屋の問題点
・畳の目で爪が割れるか心配
・ダニ・カビ・ハウスダスト （畳表・畳床の素材によっては少ないものもあるようです）
赤ちゃんのいる生活からみた畳の問題点
・食べこぼし、飲みこぼし、オムツ替えで、畳に染み込む汚れ
対策
赤ちゃんは３年もすると成長して赤ちゃんではなくなります。
子供の成長に従って、最適な床の環境は変わるので、大掛かりな工事は避けたいものです。
手軽な対策として、薄手の洗える綿ラグをメインに使われることがオススメ。
ジョイントマットやコルクマットは安全安心素材で、クッション性も高く、お手入れも簡単ですので、赤ちゃんにオススメなのですが、畳の上に広範囲に敷く場合、どうしてもつなぎ目が浮きやすいという問題が引っ掛かります。
つなぎ目が浮くと、ゴミ・ホコリ、ハウスダストがたまりやすいですし、また、つなぎ目の段差が赤ちゃんには邪魔になるからです。
つなぎ目を浮かさないよう、１畳程度のサイズで使われるのであれば安心して使えるのではないでしょうか。
【参考】近年の畳素材の流れ
一口に畳と言っても各家庭で畳の質感は異なるようですのでご紹介します。ご判断の参考になればと思います。
近年の住宅事情の変化
・畳の部屋数が減っている
・高密度住宅が増え、昔ながらの畳とは相性が悪い
・畳を使うスタイルとして置き畳も流行っている
畳素材の変化
畳表や畳床（中味）も変化していっているようです。
畳表
イ草から樹脂や和紙といった新素材へ
・カラーが豊富
・ダニやカビの栄養素を含まないので安心
・日焼け変色が無い
・イ草の匂いが無い
といった性質があります。
畳床
藁（わら）から、スタイロフォームやインシュレーションボードへ
藁（わら）
・農業器具の発展により藁（わら）は粉砕される傾向にあり、不足している。
・またダニ・カビのリスクが高くなる高気密性住宅では向かない。
インシュレーションボード
・素材は、木質素材を固めたもの
・吸放湿性、吸音性、断熱性に優れる
スタイロフォーム
・素材は、発砲ポリスチレンで、軽くて安い
・吸水性、浸透性が小さい
という特徴があり、畳床としては単独で使われることは少ない。
使われる場合は、藁（ワラ）やインシュレーションボードでサンドイッチして用いられる。